Emeritusprofessori Matti Huttunen opiskeli musiikkitiedettä ja teoreettista filosofiaa Turun yliopistossa, jossa hän väitteli tohtoriksi musiikkitieteen alalta vuonna 1993.

Hän on suorittanut myös huilunsoiton III kurssitutkinnon Sibelius-Akatemiassa vuonna 1987.

Huttunen on toiminut Helsingin Konservatorion lehtorina ja yliopettajana ja Sibelius-Akatemian esittävän säveltaiteen tutkimuksen professorina. Hänen erityisalojaan ovat musiikin aate- ja oppihistoria, esittävän säveltaiteen historia ja musiikkifilosofia.

Hänelle myönnettiin vuonna 2017 Pro musica -säätiön tunnustuspalkinto, ja hän julkaisi viime vuonna esseekokoelman Musiikki, aatteet, historia: tekstejä 1990 – 2022.